Le Ministère a pour mission d'aider les Autochtones et les résidants du Nord à réaliser leurs aspirations sociales et économiques et à former des collectivités viables et en santé. Il s'acquitte de cette mission par l'accomplissement de son double mandat : les affaires indiennes et inuites et le développement du Nord.
En ce qui a trait aux affaires indiennes et inuites, le rôle premier du ministère consiste à appuyer les Premières nations et les Inuits à créer des collectivités viables et saines et de réaliser leurs aspirations sociales et économiques. L'AINC négocie au nom du gouvernement du Canada des ententes sur le règlement des revendications territoriales globales ou particulières et des ententes sur l'autonomie gouvernementale, et fait la promotion du développement économique. Il supervise la mise en œuvre des règlements sur les revendications et offre aux Indiens inscrits vivant dans les réserves des services de type provincial, tels que l'éducation, le logement, l'infrastructure publique, et pour l'aide sociale et la mise en œuvre de services d'aide sociale aux résidents dans les réserves dans le but de veiller à qu'ils aient un accès à des services comparables à ceux consentis aux autres Canadiens. La vaste majorité de ces programmes et services sont mis en œuvre en partenariat avec les Premières nations, qui administrent directement 85 % des fonds des programmes d'affaires indiennes et inuites.

Par ailleurs, le mandat lié au développement du Nord fait de l'AINC le ministère fédéral responsable de la gestion des deux cinquièmes de la masse continentale du pays et intervient directement dans le développement politique et économique des territoires. Il assume également d'importantes responsabilités liées à la gestion des ressources, des terres et de l'environnement. Dans le Nord, par contre, ce sont les gouvernements territoriaux qui, de façon générale, fournissent la majorité des programmes et des services aux populations du Nord, y compris aux Autochtones. Enfin, les deux mandats du Ministère comportent une dimension internationale : de fait, AINC joue un rôle de premier plan dans les activités portant sur les questions autochtones et circumpolaires et mettant à partie des organismes internationaux, des nations ainsi que des organisations autochtones et nordiques.